נכון לעכשיו, השוק מציע מגוון רחב של חומרי פקק לבקבוקים, המחולקים בעיקר לשלושה סוגים: פלסטיק, מתכת וחומרים מרוכבים.
פקקי בקבוקי פלסטיק הם הסוג הנפוץ ביותר, כאשר החומרים העיקריים כוללים פוליאתילן (PE), פוליפרופילן (PP) ופוליוויניל כלוריד (PVC). פקקי בקבוקי PE נמצאים בשימוש נרחב בבקבוקי משקה בשל הקשיחות והביצועים הטובים שלהם; כובעי PP, עם עמידות גבוהה יותר בחום ויציבות כימית, מתפקדים היטב ביישומים הדורשים עיקור בטמפרטורה- גבוהה או אחסון של כימיקלים מיוחדים; בעוד ש-PVC, למרות שהעלות נמוכה יותר, ראה שהשימוש בו הוגבל בהדרגה בשל חששות סביבתיים. המחיר של פקקי בקבוקי פלסטיק משתנה בהתאם לחומר ולמפרט, בדרך כלל נע בין סנטים בודדים למספר אגורות.
פקקי בקבוקים ממתכת, במיוחד פקקי אלומיניום, פופולריים באריזות-יוקרתיות למוצרים כגון יין ותבלינים, בשל אטימות האוויר המעולה שלהם ועמידותם בפני קורוזיה. תהליך הייצור של פקקי בקבוקי אלומיניום מורכב, הכולל שלבים מרובים כגון הטבעה, ציפוי והדפסה, וכתוצאה מכך עלויות גבוהות יותר יחסית; מחירי השוק נעים בדרך כלל בין כמה אגורות למעל דולר. פקקי בקבוקי מתכת הם לא רק אסתטיים, אלא גם מונעים ביעילות קלקול המוצר ומאריכים את חיי המדף. פקקי בקבוקים מחומר מרוכב הם סוג חדש של פקק בקבוקים שצמח בשנים האחרונות. הם משלבים את היתרונות של פלסטיק ומתכת, בעלי תכונות קלות המשקל והקלות-ל-לעיבוד של פלסטיק, ואת החוזק וביצועי האיטום של מתכת. מכסים אלה משתמשים בדרך כלל במבנה רב-שכבתי, עם שכבת פלסטיק פנימית המספקת אטימה וגמישות טובה, ושכבת מתכת חיצונית או פלסטיק מתכתי לשיפור החוזק והאסתטיקה. המחיר של פקקי בקבוקים מחומר מרוכב משתנה בהתאם לחומרים ולמורכבות הייצור, בדרך כלל נע בין סנטים בודדים לדולר.
בעת בחירת חומר פקק לבקבוק, יש לקחת בחשבון גורמים כמו מאפייני המוצר, דרישות האריזה, תקציב העלות ותקנות איכות הסביבה. לדוגמה, עבור משקאות הדורשים עיקור-בטמפרטורה גבוהה, יש לבחור בחומר PP עמיד בחום-; עבור אריזות יין-יוקרתיות, ניתן לשקול פקקי בקבוקים ממתכת או חומר מרוכב כמשפר את היוקרה של המוצר; ולמוצרים רגישים-למחיר, פקקי בקבוקי פלסטיק הם בחירה חסכונית יותר.
יתר על כן, עם הגברת המודעות הסביבתית, פקקי בקבוקים מתכלים הופכים בהדרגה לחביבים בשוק. מכסים אלה עשויים מפלסטיק מבוסס-ביולוגי או מחומרים מרוכבים מתכלים, שיכולים להתפרק בהדרגה בסביבה הטבעית, ולהפחית את ההשפעה הסביבתית.